Em 1993 um tribunal de júri no Funchal deu como provado que, no ano anterior, Frederico atirou de uma falésia Luís Miguel, um jovem de 15 anos. Tratou-se do primeiro julgamento de um padre católico em Portugal e durou apenas três meses. Frederico negou sempre o seu envolvimento, mas acabou condenado a um cúmulo jurídico de 13 anos de prisão pelo assassinato e crimes de natureza sexual com o jovem. Além da prisão o tribunal decidiu aplicar-lhe uma pena acessória de expulsão do território nacional e obrigá-lo a uma indemnização de oito mil euros à família da vítima. Esta nunca foi paga .